നൂറ്റാണ്ടുകൾക്ക് മുമ്പ് കോട്ടയം ഉൾപ്പെട്ട വെൺമലൈനാട് (വെമ്പലനാട്) കുലശേഖര ചക്രവർത്തിമാരുടെ ഭരണത്തിൻ കീഴിലായിരുന്നു. എ.ഡി. 800-1102 കാലഘട്ടത്തിൽ നിലനിന്ന ചേര സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഭാഗമായ നാൻട്രഴൈനാട്ടിന് "മുന്നൂറ്റുവർ" എന്ന പേരിൽ ഒരു 300 അംഗ അസംബ്ളി ഉണ്ടായിരുന്നതായി ചരിത്രരേഖകളുണ്ട്. ചേരസാമ്രാജ്യത്തിൻ്റെ സാമന്ത രാജ്യമായി മൂന്ന കോട്ടയം 11-ാം നൂറ്റാണ്ടിൽ പല കൊച്ചു രാജ്യങ്ങളായി ക്ഷയിക്കുകയും ഇതിൽ കോട്ടയം ഉൾപ്പെടുന്ന പ്രദേശം മഞ്ചുനാട് എന്നറിയപ്പെടുകയും ചെയ്‌തു. 14-ം നൂറ്റാണ്ടിൽ തെക്കുംകൂർ രാജാക്കന്മാർ വെൺമലൈനാട്ടിൽ നിന്നും മഞ്ചുനാട് കീഴടക്കിയശേഷം സുരക്ഷാകാരണങ്ങളാൽ തലസ്ഥാനം ചങ്ങനാശ്ശേരിയിൽ നിന്നും കോട്ടയത്തേക്കു മാറ്റിയിരുന്നു. കോട്ടയം ഉൾപ്പെട്ട പ്രദേശത്തിന്റെ അധിപനായിത്തീർന്ന തെക്കുംകൂർ രാജാവിൻ്റെ തലസ്ഥാനനഗരി കോട്ടയ്ക്കകം എന്നാണറിയപ്പെട്ടത്. “കോട്ടയ്ക്കകം" ലോപിച്ചാണ് കോട്ടയം എന്ന നഗരനാമമുണ്ടായതെന്ന ചരിത്രകാരന്മാർ അഭിപ്രായപ്പെടുന്നു. തുടർന്ന് 1750-ൽ മാർത്താണ്ഡ വർമ്മ കോട്ടയം ആക്രമിച്ച് കീഴടക്കി. പ്രാചീനകാലത്ത് പാലായിലും മറ്റും വിളഞ്ഞിരുന്ന കുരുമുളക് കോട്ടയത്തുണ്ടായിരുന്ന തുറമുഖം വഴി പാശ്ചാത്യരാജ്യങ്ങളിലേക്ക് കയറ്റി അയച്ചിരുന്നു. പ്രാചീനകാലത്ത് ഇവിടുത്തെ കൊരായൂര ഒരു തുറമുഖമായിരുന്നുവെന്ന് ഇവിടെ സന്ദർശിച്ചതിൻ്റെ ഭാഗമായി 'ടോളമി' എന്ന സഞ്ചാരി തന്റെ യാത്രാക്കുറിപ്പുകളിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഗ്രീസ്, റോം, ചൈന, ഇന്തോനേഷ്യ തുടങ്ങിയ രാജ്യങ്ങളുമായി അതിപ്രാചീനകാലം മുതൽ കോട്ടയത്തിന് വ്യാപാരബന്ധമുണ്ടായിരുന്നു. തേക്ക്, തടി, ചന്ദനം, ആനക്കൊമ്പ്, കുരുമുളക് എന്നിവ ഇവിടെനിന്നും കയറ്റി അയച്ചിരുന്നു. നൂറ്റാണ്ടുകളുടെ പഴക്കമുള്ള നിരവധി ക്രിസ്‌ത്യൻ പള്ളികളും, ക്ഷേത്രങ്ങളും ഇവി ടെയുണ്ട്. 1550-ലാണ് കോട്ടയം വലിയ പള്ളി സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടത് വലിയപള്ളിയിലെ പേർഷ്യൻ കുരിശ് ചരിത്രപ്രസിദ്ധമാണ്. 1580-ൽ ചെറിയപള്ളിയും, 1830 ൽ സെമിനാരിയും സ്ഥാപിതമായി തിരുനക്കര മഹാദേവക്ഷേത്രം തളിക്കോട്ടക്ഷേത്രം എന്നിവ നൂറ്റാണ്ടുകളുടെ പഴക്കമുള്ള ആരാ ധനാലയങ്ങളാണ്. 1813-ഓടെ ക്രൈസ്‌തവ സെമിനാരികൾ സ്ഥാപിച്ച ഇംഗ്ലീഷ് മീഡിയം സ്‌കൂളാണ്

ഇന്നത്തെ സി എം എസ് കോളേജ് 1871-10ല്‍ ആദ്യത്തെ ഗ്രാമര്‍ സ്കൂള്‍ ഇവിടെ ആരംഭിച്ചു. 1882-ലാൻ കോട്ടയം പബ്ലിക് ലൈബ്രറി സ്ഥാപിതമായത് സ്വാതന്ത്യ പ്രക്ഷോഭങ്ങളനുസരിച്ച്ത്തിൽ പങ്കെടുക്കുകയും നിരവധി കേന്ദ്രങ്ങളിൽ ഗാന്ധിജിയോടൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കുകയും ചെയ്ത പണ്ഡിറ്റ് നാരായണ ദേവ്, ഈ നാട് ജന്മം നല്‍കിയ മഹത് വ്യക്തിയാണ്. 1936-ല്‍ മഹാത്മാഗാന്ധി കോട്ടയത്തെ തിരുനക്കര മൈതാനത്ത് നായർ സമാജം സ്കൂളിൽ സംഘടിപ്പിക്കപ്പെട്ട വനിതാ കോൺഫറൻസിൽ പ്രസംഗിച്ചത് ഈ നാട്ടിലെ സ്വാതന്ത്ര്യപ്രേമികളിൽ സമരാവേശം വളർത്തിയ സംഭവമായിരുന്നു. സ്വാതന്ത്യസമരകാലത്ത് അയിത്തോച്ചാടന പ്രക്ഷോഭങ്ങളുടെ ഭാഗമായി നടന്ന ഐതിഹാസികമായ വൈക്കം സത്യാഗ്രഹത്തോടനുബന്ധിച്ച് സ്വദേശാഭിമാനി ടി.കെ. മാധവൻ്റെ ഒപ്പം മഹാത്മാഗാന്ധി പലതവണ ഇവിടം സന്ദർശിച്ചിരുന്നു. വൈക്കം സത്യാഗ്രഹത്തിനു പിന്തുണ നൽകിക്കൊണ്ട് മന്നത്ത് പത്മനാഭൻ്റെ നേതൃത്വത്തിൽ സവർണ്ണജാഥ കോട്ടയം നഗരത്തിൽ നിന്നു. ജനാധിപത്യാവകാശങ്ങൾക്കുവേണ്ടിയുള്ള തിരുവിതാംകൂറിലെ ആദ്യസമരമായിരുന്നു മലയാളി മെമ്മോറിയൽ ബഹുജന പ്രക്ഷോഭണം. തിരുവിതാംകൂറിലെ ഉത്തരവാദിത്വ ഭരണത്തിനു വേണ്ടിയുള്ള നിവർത്തനപ്രക്ഷോഭം ഇതിനോടനുബന്ധിച്ച് 1933-ൽ രൂപീകരിച്ച തിരുവിതാംകൂർ സ്റ്റേറ്റ് കോൺഗ്രസ്സിൻറെ ജനകീയ പ്രാക്ഷോഭങ്ങൾ സർ സി.പി രാമസ്വാമിയുടെ കിരാതവാഴ്ചചയ്ക്കെതിരെ നടന്ന സമരങ്ങൾ എന്നിവക്കെല്ലാം കോട്ടയത്തിൻ്റെ മണ്ണ് തട്ടകമൊരുക്കി ട്രേഡ് യൂണിയനുകളായ ബീഡിത്തൊഴിലാളി യൂണിയൻ, മുനിസിപ്പൽ വർക്കേഴ്‌സ് യൂണിയൻ തുടങ്ങിയവ കോട്ടയത്തിൻ്റെ സാമൂഹ്യ രാഷ്ട്രീയ രംഗത്ത് നിരവധി പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നു. 1870-കളിൽ തിരുവിതാകൂറിൽ നിരവധി വികസന പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടക്കുകയുണ്ടായി. പുനലൂർ തൂക്കുപാലത്തിൻ്റെ നിർമ്മാണം. വർക്കല ഭൂഗർഭ ജലപാതയുടെ നിർമ്മാണം മുതലായവ അത്തരം പ്രമുഖ നിർമ്മാണ പ്രവർത്തനങ്ങളിലൊന്നായിരുന്നു. 1877-ൽ പൂർത്തിയാക്കിയ കോട്ടയം-ചങ്ങനാശ്ശേരി റോഡിൻ്റെ നിർമ്മാണവും 1975-78 ലെ കോട്ടയം-ആലുവ റോഡ് (ഇന്നത്തെ എം.സി റോഡിൻ്റെ ഒരു ഭാഗം) കോട്ടയം-കുമളി റോഡ് എന്നിവയും. 1956-ൽ നിലവിൽ വന്ന കോട്ടയം തീവണ്ടിപ്പാതയും ഇവിടുത്തെ ഗതാഗത ചരിത്രത്തിലെ നാഴികക്കല്ലുകളാണ്. അക്ഷരനഗരി എന്നറിയപ്പെടുന്ന കോട്ടയത്തുനിന്നാണ് കേരളത്തിലെ പ്രമുഖ പത്രങ്ങളും വാരികകളും, മാസികകളുമെല്ലാം പ്രസിദ്ധീകരിക്കുന്നത് ഇന്ത്യയിലാദ്യമായി നൂറുശതമാനം സാക്ഷരത കൈവരിച്ച നഗരമെന്ന ഖ്യാതിയും കോട്ടയത്തിനാണ് കുമരകം അന്താരാഷ്ട്ര പ്രസിദ്ധമായ വിനോദസഞ്ചാര കേന്ദ്രമാണ് മീനച്ചിലാർ കൊടൂരാർ, വേമ്പനാട്ടുകായൽ എന്നീ ജലാശയങ്ങളും ടൂറിസ്റ്റുകളെ ആകർഷിക്കുന്നവയാണ്